Odpady medyczne klasyfikowane są jako odpady niebezpieczne i dlatego też nie mogą być poddawane odzyskowi ani składowane na wysypiskach śmieci.
To, jakie są dopuszczalne sposoby utylizacji tychże odpadów reguluje Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 23 grudnia 2002 r. w sprawie rodzajów odpadów medycznych i weterynaryjnych (Dz. U. Nr 8, poz. 102 i 103). Istnieje kilka możliwości.
To najczęściej praktykowany sposób utylizacji odpadów medycznych. Jest to nic innego, jak spalanie szkodliwych substancji w specjalnym piecu. Przy wielu szpitalach funkcjonują takie właśnie spalarnie, ale zobowiązane są do przestrzegania licznych obostrzeń. Ściśle określona jest wysokość temperatury, która zależy od stopnia stężenia związków chlorowcoorganicznych. Dodatkowo piece powinny mieć zainstalowany palnik, który włączy się automatycznie, gdy temperatura spadnie. Spalanie umożliwia skuteczne usuwanie toksycznych substancji oraz pozwala na redukcję objętości odpadów do 90%.
W tym wypadku odpady medyczne poddawane są działaniu mikrofal po uprzednim oczyszczeniu parą, kruszeniu i moczeniu. Przetwarzanie mikrofalowe trwa ok. 30 minut, następnie w celu pełnej dezynfekcji odpady przechowywane są w komorze w temperaturze 95 °C.
Ten rodzaj utylizacji odbywa się przy pomocy sterylizatora parowego. Jest to sposób unieszkodliwiania substancji toksycznych stosowany od dawna w placówkach medycznych w celu dezynfekcji urządzeń wielokrotnego użytku. Autoklawownie polega na umieszczeniu odpadów w workach w pomieszczeniu wypełnionym parą o temperaturze 130-190°C. Po unieszkodliwieniu, odpady mogą być składowane na wysypisku. Niestety nie wszystkie substancje mogą być poddane temu typowi utylizacji.
W tym wypadku utylizacja następuje poprzez działanie substancji chemicznych np. chloru. W ten sposób unieszkodliwione odpady rozdrabnia się i wywozi na wysypisko. Niestety ta metoda również nie może być stosowana do każdego typu odpadów.