Zanim odpady medyczne przekazane zostaną do utylizacji w spalarni, placówki je wytwarzające powinny
magazynować je w specjalnie dostosowanych pomieszczeniach lub urządzeniach – regulacje prawne przewidują odpowiednią temperaturę, a także dopuszczalny czas przechowywania przewidziane dla każdej kategorii odpadów; co ważne nowe rozporządzenie ministra zdrowia przewiduje obowiązek umieszczenia termometru w miejscach magazynowania.

Bezpieczny transport

Należy jednak zaznaczyć, że zadbać trzeba również o bezpieczeństwo transportu wewnętrznego odpadów medycznych, co również sprecyzowane jest w przepisach (przez transport wewnętrzny rozumie się transportowanie odpadów medycznych z miejsca ich powstawania do miejsca wstępnego magazynowania lub też do miejsca odbioru przez firmę zewnętrzną). W tym celu należy używać pojazdów przeznaczonych jedynie do tego celu: wózków zamykanych lub wózków z pojemnikami zamykanymi, a jeżeli ilość odpadów jest niewielka, można posłużyć się transportowymi pojemnikami zamykanymi. Podczas transportu powinno się zachować zasady higieny oraz szczególną ostrożność, tak aby nie uszkodzić worka lub pojemnika i zapobiec wydostaniu się odpadów medycznych. Transport musi przebiegać  w sposób uniemożliwiający bezpośredni kontakt z odpadami i niedopuszczający do ich zmieszania. Po każdym transporcie wózki i pojemniki transportowe powinny być dezynfekowane i myte.