Odpowiednia segregacja, dobór worków i pojemników oraz ich szczegółowe oznaczenie to dopiero pierwsze kroki w utylizacji odpadów medycznych. W następnej kolejności odpady z miejsca wytworzenia muszą trafić do magazynu lub do urządzenia chłodniczego, które objęte są szczegółowymi wymogami prawnymi.
Pomieszczenie będące miejscem wstępnego magazynowania odpadów medycznych musi mieć niezależne wejście, a dostęp do niego posiadać powinny jedynie osoby upoważnione. Rozporządzenie ministra nakazuje, aby materiały, którymi wykończone są powierzchnie płaskie w magazynie, były gładkie – umożliwiające łatwe czyszczenie i dezynfekcję. Ponadto drzwi do niego prowadzące muszą być na tyle szerokie i wysokie, aby nie utrudniały transportu pojemników – z tego względu również nie powinny mieć progu. Ważne jest, aby wydzielić w magazynie boksy do przechowywania konkretnych typów odpadów, zainstalować zabezpieczenie techniczne zapobiegające rozprzestrzenianiu się odpadów (wyciekaniu substancji itp.), a także uniemożliwić gryzoniom czy owadom dostęp do pomieszczenia. Każdy magazyn odpadów medycznych powinien być wyposażony w termometr.
Urządzenie chłodnicze może mieć formę przenośną lub stacjonarną. Również nie może być dostępne dla osób nieupoważnionych, musi mieć gładkie powierzchnie oraz być zabezpieczone przed gryzoniami, owadami i innymi zwierzętami. Podobnie jak magazyn powinno mieć termometr. Dodatkowo wersja stacjonarna składać się musi z przedsionka i drzwi otwieranych od wewnątrz.
Zarówno przy pomieszczeniach jak i pojemnikach należy zlokalizować umywalkę z dostępem do ciepłej i zimnej wody, mydeł i środków dezynfekujących oraz ręczników jednorazowych i innych artykułów higienicznych, zapewniających bezpieczeństwo i ochronę personelowi. Dodatkowo magazyny i pojemniki do przechowywania odpadów medycznych należy myć i dezynfekować po każdorazowym opróżnieniu.